FC Unirea Alba Iulia s-a înfiinţat în anul 1924, prin fuziunea Clubului Sportiv Alba Iulia cu echipa Liceului Mihai Viteazul Alba Iulia. La început a purtat denumirea de „Unirea Mihai Viteazul”. După 10 ani de la fondare participă la prima ediţie a Diviziei B, unde ocupă locul 6. Se menţine în a doua divizie până în 1939, când retrogradează, pentru a reveni apoi în Divizia B în anul 1942. Rămâne din nou timp de doi ani pe a doua scenă fotbalistică a ţării, pentru ca apoi să retrogradeze din nou. În finalul sezonului 1946/1947 o găsim pe Unirea Mihai Viteazul în Divizia C pe locul 9, retrogradabil. În acelaşi an 1947 se schimbă denumirea formaţiei în FC Unirea Alba Iulia. Până în 1970, Unirea activează în campionate regionale, sub nivelul primelor trei divizii fotbalistice din România. În 1970 promovează în Divizia C, pentru ca apoi după alte 9 sezoane să acceadă în Divizia B. Urmează o perioadă în care formaţia albaiuliană se perindează între Divizia B şi C, astfel: la sfârşitul sezonului 1979/1980 retrogradează în Divizia C, unde joacă timp de patru ani, apoi promovează în Divizia B. După doi ani retrogradează din nou, pentru ca după alţi doi ani să revină în a doua divizie.

Anul 1988 vesteşte începutul unei noi ere fotbalistice la Alba Iulia. Unirea devine în următorii ani o forţă la nivelul ligii secunde din România, astfel că în sezonul 1990/1991 reuşeşte cea mai mare performaţă de până atunci a clubului. Echipa condusă din teren de senzaţionalul Neluţu Popa elimină pe Steaua Bucureşti în sferturile Cupei României, pentru ca apoi să cedeze în semifinale în faţa Universităţii Craiova, după o dublă memorabilă (0-4 la Craiova şi 3-0 la Alba Iulia). În sezonul 1993/1994 FC Unirea Alba Iulia este aproape de o promovare istorică în Divizia A, însă ocupă doar poziţia secundă, fiind devansată cu 7 puncte de către FC Maramureş Baia-Mare. În următorii ani, echipa rămâne în a două ligă fotbalistică a ţării. Anul 1997 aduce o nouă redenumire a formaţiei, astfel că FC Unirea devine FC Apulum Unirea Alba Iulia. La sfârşitul secolului XX găsim formaţia albaiuliană zbătându-se pentru evitarea retrogradării, obiectiv îndeplinit de fiecare dată la limită.

Anul 2002 aduce la Alba Iulia o infuzie de jucători de la Minaur Zlatna, în frunte cu antrenorul Aurel Şunda. Acesta reuşeşte să clădească la Alba Iulia o echipă redutabilă, băzându-se pe un trio redutabil Maier-Paleacu-Găldeanu, care vor aduce atât de mult visata promovare în Divizia A. FC Apulum Unirea Alba Iulia defilează aşadar în sezonul 2002/2003 al Diviziei B, Seria a II-a şi reuşeşte să termine pe fotoliul de lider, având un avans de 8 puncte faţă de ocupanta locului secund, FC Oradea.

Dată ca şi victimă sigură, nou-promovata echipă albaiuliană reuşeşte minunea şi în scurt timp devine „campioana deplasărilor”. Încheie sezonul 2003/2004 al Diviziei A pe un onorant loc 6, stabilind astfel cea mai mare performanţă a clubului. Din păcate, lipsa stabilităţii financiare îşi pune serios amprenta pe evoluţia echipei în sezonul următor al Diviziei A, în care echipa ocupă doar locul 14, ultimul retrogradabil.

Sezonul 2005/2006 găseşte echipa din nou în a doua ligă fotbalistică a ţării. Declinul continuă, astfel că la finalul campionatului FC Apulum Unirea Alba Iulia retrogradează din nou, ocupând poziţia a 13-a. În vara anului 2006, formaţia albaiuliană revine la numele de FC Unirea Alba Iulia şi cumpără locul formaţiei Oltchim Rm. Vâlcea. Astfel, startul sezonului 2006/2007 o găseşte pe FC Unirea din nou în Liga a II-a. Încheie acest sezon pe locul 4, la fel ca şi cel următor.

Sezonul 2008/2009 începe cu Aurel Șunda la conducerea tehnică a echipei și cu obiectivul declarat de a ataca promovarea. Uniriștii termină prima parte a campionatului pe primul loc. După o serie de rezultate mai slabe din retur, Aurel Șunda este demis și locul său este luat de către Adrian Falub, cel care la finalul sezonului avea să sărbătorească promovarea în Liga I la fotbal cu FC Unirea.

Startul sezonului 2009/2010 găsește pe FC Unirea Alba Iulia alături de marile nume ale fotbalului românesc, unde reușește câtreva rezultate notabile, culminând cu victoria de pe teren propriu cu scorul de 2-1 contra Stelei București. Cu toate acestea, la finalul campionatului, echipa se situează pe ultima treaptă a clasamentului și implicit retrogradează în liga secundă.

Urmează o perioadă zbuciumata în istoria echipei, presărată cu probleme financiare, totul culminând cu retragerea echipei de seniori din returul campionatul Ligii a II-a, sezonul 2012/2013. Echipa continuă să existe, însă doar la nivel juvenil până în sezonul 2014/2015 când înscrie echipa de seniori în Liga a V-a. Cu un lot alcătuit preponderent din tineri crescuți în curtea proprie, Unirea promovează la pas în Liga a IV-a, unde termină sezonul 2015/2016 pe locul 8. Sezonul 2016/2017 găsește Unirea Alba Iulia în liga a III-a, unde primește un loc din partea FRF datorită faptului că are o echipă de juniori in Liga Elitelor, dar este obligată să folosească 8 jucători U21. Cu toate acestea, Unirea reușește să evite retrogradarea și termină sezonul 2016/2017 pe locul al 11-lea.

Anul 2017 aduce Clubul în fața unui nou început prin preluarea acestuia de către doi albaiulieni: Gicu Grozav și Mihai Oancea. Stabilitatea financiară asigurată de cei doi și crearea unei noi identități bazată pe istoria de aproape 100 de ani a Unirii Alba Iulia, redau acesteia demnitatea și strălucirea de altădată. Accentul este pus pe dezvoltarea Centrului de Copii și Juniori prin aducerea în fruntea acestuia a legendei fotbalului albaiulian, Neluțu Popa. Obiectivul pe termen mediu este reconstrucția și accederea în eșaloanele superioare ale fotbalului autohton. (text preluat de pe site-ul oficial al clubului)